2x01: We Don't Need Another Hero - Dopo l'attacco accaduto nell'ultima puntata della prima serie al quartier generale della polizia di Boston, Jane viene acclamata come un eroina, e premiata con una cerimonia ufficiale dopo alcuni mesi di riposo post-operazione (ricordiamo che sia lei che il fratello Frankie uscirono gravemente feriti dall'attacco terroristico). Mentre sta lavorando sul prossimo caso, la Rizzoli s'imbatte in un ex compagno di scuola dei tempi del liceo, che la aiuta a indagare sull'omicidio di una reduce dall'Iraq.
2x02: Living Proof - Maura e Jane stanno per rilassarsi con una giornata in un centro di benessere tra bagni, saune e fanghi, ma il loro riposo dura poco per via dell'omicidio di una donna incinta, trovata accoltellata in un bosco da un uomo di campagna. Jane e la sua squadra cominciano a indagare partendo dalla clinica ostetrica a cui la donna si era rivolta per dare un bambino ad una coppia che non ne poteva avere. Il bambino viene miracolosamente savato dalla bravissima dottoressa Maura Isles dal corpo della defunta madre, dopo alcuni minuti dal ritrovamento del corpo.
2x03: Sailor Man - Una giovane donna viene stuprata e assassinata durante una settimana di festeggiamenti indetta dai marinai in giro per la città di Boston. Il padre-marinaio del detective Frost arriva in visita alla polizia dal figlio per liberare, contro la volontà di Frost jr, un suo allievo marinaio che figura tra i sospetti, mentre il meccanico di Angela, un aitante italiano, chiede un appuntamento galante a Maura, che appare lusingata dal corteggiamento.
