1X13 THE TRANSFORMATION - Un uomo si sente male mentre è in aereo, perde sangue dal naso, si alza, va in bagno e si controlla le pupille, dopodichè si reca dalla hostess e le chiede di procurargli tutti i tranquillanti che può. Lei pensa sia matto e avverte il comandante , intanto l’uomo va in bagno e succede qualcosa di strano… si sentono delle urla e improvvisamente qualcosa sfonda la porta e mangia i passeggeri. Dopo vediamo che il team guidato da Olivia arriva per controllare i resti di un aereo, caduto, in cui a bordo c’era uno strano essere, un mostro con delle spine sulla schiena. Dalle prime indagini sul corpo, si scopre che l’uomo è Marshall Bowman, un uomo che Olivia ricorda di aver visto insieme a Scott (Mark Valley) e ad un altro uomo, tutti e tre parlavano di uno stranmo virus che poteva modificare il DNA umano. L’FBi riesce a rintracciare il terzo uomo, Hicks, e cerca di convincerlo a confessare e ad aiutarla nelle indagini, l’uomo cede quando capisce che anche lui è stato infettato e si sta trasformando, l’unica cosa che ricorda è che il virus gli è stato venduto da un certo Conrad. Walter riesce a frenare la trasformazione con un’iniezione che lo manda in coma farmacologico. Quando Olivia chiede di riesumare l'agente Scott per verificare l'esistenza di un disco anche nel suo corpo, Broyles la porta alla Massive Dynamics, dove le viene mostrato il corpo di Scott: è morto, ma lo tengono in sospensione per evitare che si perdano i dati contenuti nel disco presente nella sua mano. Da quel poco che si è riuscito a recuperare del disco, sembra che Scott facesse parte di una cellula di bio-terroristi.
1X14 ABILITY - L'incipit della puntata è dedicato a Mr Jones ed alla sua evasione avvenuta il giorno stesso del rapimento di Olivia; un breve montaggio di scene che serve a rinfrescare la memoria su un personaggio che ormai sappiamo essere fondamentale per la serie e subito veniamo portati a due settimane dopo la sua evasione dal carcere tedesco in cui era rinchiuso: Olivia si trova al laboratorio di Bishop e discute con lo scienziato e Peter delle circostanze dell'evasione. Tutti gli indizi vanno pensare che possa aver usato un'invenzione di Bishop rubata da Loeb per fuggire, e noi sappiamo che è così, e proprio Walter spiega di come siano necessarie settimane di decompressione in una camera iperbarica dopo aver usato il dispositivo, che smaterializza l'organismo e lo ricompone in un altro luogo. Insomma si tratta di un teletrasportatore. E infatti è proprio da una camera iperbarica che vediamo uscire l'uomo poco dopo: Mr Jones è ufficialmente tornato in azione, ed ha qualcosa di grosso in mente. Questo ci porta subito al caso della settimana, che prende le mosse da un uomo morto per soffocamento a causa della chiusura degli orifizi del volto. L'uomo, un edicolante, riceve una banconota da un cliente e subito dopo occhi, narici e bocca vengono ricoperti da una crescita anomala della pelle, che di fatto finisce per impedirgli di respirare e quindi ne causa la morte. E' una reazione provocata da una polvere diffusa proprio attraverso la banconota ricevuta dall'uomo, ma l'omicidio ed il caso sono funzionali alla vera missione di Jones: recrutare Olivia nella ZFT, l'organizzazione che già sappiamo essere collegata a molti degli strani fenomeni su cui il gruppo ha indagato. Un'intuizione di Olivia ci permette di scoprire che la sigla in realtà si riferisce ad un libro, mai pubblicato ufficialmente, che rappresenta il manifesto del gruppo. Un testo il cui titolo è Zerstorung durch Fortschritte der Technologie (ovvero Distruzione tramite il progresso tecnologico) e che riescono a reperire grazie ad una delle preziose e sempre più stupefacenti conoscenze di Peter, un libraio specializzato in compravendita di testi rari, nonchè esperto del settore. Il testo è chiaro nel farci capire le convinzioni del gruppo: la nostra realtà è solo una di tante e loro hanno scoperto il modo per viaggiare tra queste diverse realtà. Purtroppo gli aspetti negativi di questi viaggi sono irreversibili sia nel nostro mondo che negli altri e scatenano una serie di eventi innaturali, inizialmente difficili da notare, che conducono ad un inevitabile risultato: solo uno dei mondi potrà sopravvivere.
1X15 INNER CHILD - Nel corso delle operazioni per la demolizione di un vecchio edificio, viene ritrovato un misterioso bambino, sigillato in una cavità sotterranea, apparentemente da diversi anni, che immediatamente suscita l'interesse dell'unità Fringe. Contemporaneamente un serial killer, a cui già in passato l'unità Fringe si è interessata, chiamato l’Artista, ritorna ad uccidere. Il bambino, curato in ospedale, non dice una parola, ma con Olivia (Anna Torv) sembra prendersi in simpatia, tanto da spingersi a scrivere un nome su un foglio di carta: Olivia pensa sia il suo nome, ma in poco tempo scoprirà che si tratta il nome della prossima vittima dell'"artista". Intanto, Walter Bishop (John Noble) teorizza che in realtà il bambino potrebbe essere un uomo anziano, semplicemente le condizioni ambientali (sigillato sotto terra) non l'hanno fatto crescere normalmente. Inoltre ipotizza che, dato che ha vissuto sotto terra per tutto quel tempo e visto che è ipersensibile a luce e suoni, potrebbe essere sensibile anche alle emozioni, ai sentimenti e alle intenzioni della gente. Così riuscirebbe ad intuire le vittime del serial killer. Olivia cerca così di entrare più in contatto possibile con il bambino e riesce persino a farsi disegnare un identikit dell'assassino. Grazie anche a un'intuizione del sempre brillante Peter, si riesce a capire che l'uomo è entrato in contatto con un mattatoio, così viene facilmente individuato il suo nome. Mentre si procede all'arresto il killer tenta di fuggire ma viene inseguito e ferito mortalmente da Olivia. Alla fine dell'episodio la CIA reclama la custodia del bambino, ma Olivia, con l'aiuto di Broyles, riesce a simulare una sua fuga: in realtà viene dato alle cure della dottoressa Winick (che lo stava assistendo in ospedale) affinché lo conduca non in un istituto, ma in una nuova casa.
1X16 - UNLEASHED - Quando degli attivisti per i diritti degli animali saccheggiano e mettono a soqquadro un laboratorio, accidentalmente fanno scappare una pericolosa bestia che ricorda la figura di una chimera. L'animale è un prodotto artificiale del laboratorio e ha un allarmante appetito carnivoro. Walter Bishop ha dei forti sospetti che le sue ricerche fatte prima di essere ricoverato nell'ospedale psichiatrico abbiano senz'altro contribuito a dar vita a quell'animale. Intanto, il pericolosissimo animale continua a lasciare una sanguinosa scia di vittime e di corpi mutilati, in alcuni dei quali inocula le sue larve. Charlie riesce fortunatamente a sopravvivere a un faccia a faccia con la bestia, tuttavia il suo corpo è stato contaminato dalle larve. Ora Peter Bishop, Olivia Dunham e Walter si devono affrettare per trovare una sorta di antidoto prima che per Charlie sia troppo tardi. L'unica maniera per farlo è catturare la bestia e ottenere un campione del suo sangue. Così Olivia, Peter e lo stesso Walter (che si ritiene responsabile per aver anche lui studiato la creazione della creatura in passato) si mettono a caccia nelle fogne, luogo che sembra preferito dalla creatura. L'attirano con uno stratagemma e mentre Walter tenta da solo di affrontarla sacrificandosi, Olivia e Peter riescono ad intervenire per tempo uccidendola a colpi di pistola.
